ダウンロードしたCSVファイルが文字化けする原因は、CSVファイルにBOM(バイトオーダーマーク)が付与されていないためです。
対処方法

CSVファイルダウンロード時にBOMを自動で付与する設定を行ってください。
- 「アカウント」 から 「設定」 をクリックします。
- 「機能オプション」 の 「対応するスプレッドシートのエクスポートにバイトオーダーマークを含める」 を 「有効」 にします。
この設定を有効にすると、以降ダウンロードされるCSVファイルにBOMが付与され、Excelで開いた際の文字化けが解消されます。